O Departamento de Investigação Científica da Fundação Altino Ventura (FAV) tem como objetivo principal auxiliar alunos e pesquisadores da instituição na elaboração de projetos de pesquisa, artigos e trabalhos apresentados em eventos científicos. Atualmente é coordenado pela Dra. Camila Ventura (Médica Oftalmologista, Doutora em Ciências Visuais – UNIFESP). Conta ainda com as Analistas de Pesquisa Científica Dra. Ana Karine de Araújo Soares (Biomédica – UFPE, Doutora em Biociências e Biotecnologia em Saúde – FIOCRUZ/PE, Pós-Doutora em Inovação Terapêutica - UFPE)  e Dra. Taciana Higino (Biomédica – UFPE, Doutora em Biociências e Biotecnologia em Saúde – FIOCRUZ/PE), além da Estatística Dalmir Santos (Estatística – UFPE) e Hugo Oliveira (Especialista em BI - FIAP).

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A Fundação Altino Ventura é fonte de um grande manancial de dados científicos que permitem a realização de pesquisas de ponta, utilizando dados epidemiológicos coletados nas ações de prevenção à cegueira e reabilitação visual, auditiva, física e intelectual, favorecendo assim o melhor conhecimento da realidade da saúde ocular e das múltiplas deficiências das regiões Norte/Nordeste. A instituição desenvolve continuamente Projetos de Extensão e Pesquisa, com parcerias técnico-científicas com instituições nacionais e internacionais. Parcerias técnico-científicas como: Projeto de Baixa Visão, em parceria com Fundação Lions Internacional, a ONG cristã Alemã, CBM, Governo Alemão, em oito estados do Norte e Nordeste (Roraima, Amapá, Ceara, Paraíba, Pernambuco, Alagoas, Sergipe e Bahia) capacitando oftalmologistas pediátricas e terapeutas especialistas em baixa visão; Universidade Federal de São Paulo (UNIFESP), desenvolvendo diversos trabalhos científicos, e no fomento à Pós-graduação strictu sensu; Organização Pan-Americana de Saúde (OPAS), WHO-das Américas, Ministério da Saúde do Brasil, e a UNICEF, para elaboração de materiais educativos para profissionais da Atenção Básica e Especializada à Saúde da Criança, com Síndrome Congênita do Vírus Zika (SCZV); Projeto de Pesquisa Científica “Semear”, financiado pelo Eunice Kennedy Shriver Instituto Nacional de Saúde Infantil e Desenvolvimento Humano dos Institutos Nacionais de Saúde (NIHCD), dos Estados Unidos, em parceria com a RTI Internacional (Research Triangle Park, NC), que visa acompanhar o desenvolvimento de crianças com a SCZV e suas famílias.

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No âmbito da contribuição à ciência, somente nos anos de 2019 a 2023, a FAV publicou 65 trabalhos científicos peer reviewed, muitos de alto impacto, além de outras edições de grande destaque.